يعد للزنجبيل فوائد كثيرة للصحة بشكل عام والجهاز الهضمي بشكل خاص إلا أن الإفراط به يؤدي إلى عدة مشاكل صحية منها كثرة التبول في حال شرب شاي الليمون والزنجبيل، لذلك يجب الإقلال منه في حالة وجود مشاكل بالكلى.

وتشير الأبحاث إلى أن شاي الزنجبيل بالكركم قد يسبب أيضًا تقلصات في المعدة وانتفاخًاإذا تم تناول الزنجبيل بكميات كبيرة ، يمكن أن يسبب الإسهال، ومن المعروف أن الزنجبيل يخفض السكر في الدم لمرضى للسكر إلا أن تناوله مع أدوية السكري قد يسبب مشاكل و قد يعزز الزنجبيل من آثار الدواء ويسبب خفض نسبة السكر في الدم بشكل مفرط.

وعلى الرغم من فوائد الزنجبيل للكبد وأنه يحفز إفراز الصفراء مما يفيد الهضم، ولكن في حال المعدة الخالية ، فقد يؤدي ذلك إلى زيادة تحفيز المعدة ، مما يؤدي إلى ضيق في الجهاز الهضمي واضطراب في المعدة والكبد، وعلى الرغم من فوائد الزنجبيل للمعدة إلا أنه يحتوي على مركبات تشبه الكابسيسين المهيج للمعدة .