على الرغم من الفوائد الصحية المعروفة لتناول خل التفاح كالمساعدة في فقدان الوزن وتنظيم مستيويات السكر في الدم وخفض الكوليسترول ، إلا أن هناك آثار جانبية خطيرة حال الإكثار من تناوله .

وكشف الأطباء عن بعض تلك الآثار الناجمة عن الإفراط فيه على النحو التالي :

1- الإصابة بمشاكل في الكليتين .
2- مضاعفات للمصابين بإرتجاع المرئ ، حيث يحذر الأطباء من الأطعمة الحمضية وخاصةً خل التفاح .
3- الشعور بالضعف واختلال التوازن ، نتيجة لخفض السعرات الحررية التي تعد مصدر الطاقة .
4- خسارة وهمية للوزن : لأنك ستفقدين الماء الموجود بجسمك حال الإكثار منه وليس الدهون ، وسيسترده الجسم مرة أخرى .
5- زيادة الشهية : فربما ينتهي بكي الأمر للشعور بالجوع والرغبة الشديدة في تناول الطعام ، بسبب الإعتماد على الخل منخفض السعرات الحرارية ، مما يسبب زيادة الوزن في تلك الحالة .
6- ضعف الجهاز المناعي : لأنه لا يدعم بكتيريا بروبيوتيك المفيدة للجهاز المناعي .
7- انتفاخات بالمعدة ، نتيجة لتأخير إفراغ الجهاز الهضمي مما يسبب الغازات وغثيان أحياناً .