كشف النظام الجديد للضريبة المضافة الذي تتولى تطبيقه الهيئة العامة للزكاة والدخل، عن تشكيل لجنة باسم لجنة الفصل في المخالفات والمنازعات الضريبية تختص في الفصل في دعاوي ومنازعات الحقين الخاص والعام والناشئة عن تطبيق أحكام النظام الضريبي على أن تكون هناك أكثر من مجموعة في هذه اللجنة تضم أعضاء من ذوي الاختصاص والخبرة والتأهيل النظامي.

وأبان النظام أن هناك لجنة أخرى سيتم تشكيلها باسم اللجنة الاستئنافية للمخالفات والمنازعات الضريبية سيتم تشكيلها بمواكبة عمل اللجنة الأولى بهدف الاختصاص في الفصل في الاعتراضات المقدمة ضد قرارات لجنة الفصل في المخالفات والمنازعات الضريبية.

وأبان النظام استمرار عمل اللجان الابتدائية والاستئنافية المنصوص عليها في نظام ضريبة الدخل الصادر في عام 1425.